- Дирекция
- Отдел исследований Европейской интеграции
- Отдел европейской безопасности
- Отдел страновых исследований
- Отдел экономических исследований
- Отдел социальных и политических исследований
- Отдел исследований Центральной и Восточной Европы
- Отдел Черноморско-Средиземноморских исследований
- Отдел научно-организационной деятельности
- Отдел информатизации
- Библиотека
- Бухгалтерия