В рамках реализации своих уставных задач Институт Европы поддерживает регулярные контакты с Евразийской экономической комиссией, Европейским парламентом, Европейской комиссией и Европейским центральным банком. Институт активно взаимодействует с наиболее авторитетными российскими и зарубежными научными центрами и организациями, занимающимися проблемами Европы, участвует в реализации ряда многосторонних проектов.
Вместе с 15 университетами стран ЕС и России Институт Европы принимает участие в международном проекте под эгидой Еврокомиссии «Европейская идентичность, культурное разнообразие и политические изменения». C 1995 г. Институт выступает одним из организаторов международной научной конференции «Россия и Центральная Европа в новых геополитических реальностях», где представлены страны Центральной Европы, Прибалтики и их соседи.
Институт Европы развивает двусторонние научные и общественно-политические связи. В России тесное и плодотворное сотрудничество связывает коллектив Института с Российским советом по международным делам, Фондом «Русский мир», Фондом исторической перспективы, Форумом «Петербургский диалог», Российской ассоциацией политической науки, Российской ассоциацией международных исследований, Ассоциацией британских исследований. Сотрудники Института активно участвуют в программах фундаментальных исследований Арктики.
Постоянно расширяется круг зарубежных партнеров Института. Совместно с финским Центром Мартти Ахтисаари Институт Европы проводит ежегодные международные конференции «Европейская безопасность: в поиске совместных ответов на угрозы и вызовы». Вместе с учеными из Университета Коимбры и Нового государственного университета Лиссабона (Португалия) Институтом подготовлена и издана коллективная монография об экономике, внутренней и внешней политике Португалии. Заключены соглашения о научном сотрудничестве с Университетом Ла Сапиенца, Институтом политических, экономических и социальных исследований EURISPES (Рим, Италия), Институтом изучения истории реформ (Венгрия), Университетом г. Арат (Румыния), Католическим Университетом (г. Левен, Бельгия).
Взаимовыгодное сотрудничество Института Европы со многими российскими и зарубежными организациями и объединениями носит многолетний характер и регулярно находит практическое выражение в виде совместных научных и общественно значимых мероприятий, а также публикаций коллективных трудов по различным актуальным направлениям европейских исследований. Ряд ведущих партнеров Института перечислен ниже:
Ассоциации внешнеполитических исследований им. А.А. Громыко 
Заявление Контактной группы Россия-ЕС https://www.europeanleadershipnetwork.org/wp-content/uploads/2019/10/ELN-Contact-Group-Statement-on-Stereotyping-and-Dialogue-October-2019.pdf
Ассоциация европейских исследований АЕВИС (президент Ал.А. Громыко, почётный президент Ю.А. Борко)
Евразийский информационно-аналитический консорциум
Движением за укрепление мирового правопорядка и в поддержку ООН (президент Ан.А. Громыко, председатель Совета Ал.А. Громыко, заместитель председателя - И.Н. Щербак, отв. секретарь - А.А. Синдеев)
ИМЭМО РАН имени Е.М. ПРИМАКОВА
Институт Африки РАН
Институт США и Канады РАН
Институт Латинской Америки РАН
Институт Дальнего Востока РАН
Фонд "Русский мир"
Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
Дипломатическая академия МИД РФ
МГИМО (Университет) МИД РФ
Форум "Петербургский диалог"
ООО Издательство «Весь Мир» (ИВМ) 
Фонд поддержки публичной дипломатии имени А. М. Горчакова 
Университет Оксфорда
Королевский институт международных отношений
Европейский русский форум
